Октобра 1896. долази у Беч на студије грађевине на Техничком универзитету. Први стан му је био у „Фрајхаусу“ (Freihaus), у четвртом бечком округу. Данас се на том месту налази нова зграда Техничког Универзитета на самом почетку улице Wiednerhauptstraße, преко пута старе зграде Техничког Универзитета. У својим успоменама Миланковић је то описао: „Срби, студенти великих европских вароши, живели су свугде засебним животом, у нераздвојној заједници, имали своје засебне гостионице и кафане у којима су проводили дане и ноћи. Тако је било и у Бечу, само са том разликом што су онде наши ђаци имали два засебна логора. Универзитетлије су живеле у Јозефштату и суседним квартовима, а техничари у Видену. Али су се те две групе често састајале на заједничким седељкама. Једно од таквих збирних местабило је српско академско друштво „Зора“. Основано 1863. Године, оно је некада играло значајну политичку и просветну улогу, али ју је временом изгубило и ограничило се само на одржавање светосавских забава и прославу „знаменитих Срба.“ Поред „Зоре“, Миланковић је био члан и у Словенском певачком друштву, и две до три вечери недељно је посвећивао обавезама и састанцима у тим удружењима. Често је посећивао Оперу и позоришта, музеје и галерије а читао је много, нарочито класике на немачком. По сопственом запису у опери је провео „преко две стотине незаборавних вечери“. Често је свраћао у кафе „Elisabethbrücke“ где је читао све не само аустријске већ и све битније европске новине и часописе. Интересантно је и да су Миланковићева браћа студирала у Бечу; Љубиша од 1898. на пољопривредној великој школи и Богдан од 1903. романистику. Трећег децемба 1904. Миланковић је положио докторски испит. Наслов његове дисертације је био: „Beitrag zur Theorie der Druckkurven“ (Теорија линија притиска).